Une équipe de 32 enquêteurs, provenant de différents horizons, forme l’unité d’enquête du BEI. La composition de cette unité, comme l'a voulue le législateur, vise la parité de personnes n’ayant jamais eu le statut d’agent de la paix (civils) et d’anciens agents de la paix (policiers). Ce jumelage permet de tirer profit de points de vue différents et contribue à garantir l'impartialité de l'enquête. Tous ont cependant une expérience pertinente au travail d’enquête.
Six enquêteurs sont nommés superviseurs et ils sont divisés en cinq équipes. Quatre de ces équipes sont assignées aux enquêtes indépendantes alors que la dernière s'occupe de mener des enquêtes sur les allégations d'infraction criminelle portées contre des policiers.
Le coordonnateur opérationnel s'assure du respect par l'ensemble du personnel de l'unité d'enquête des procédures mises en vigueur par la direction, dans le but d'uniformiser et d'optimiser les pratiques.
Les coordonnateurs aux enquêtes, les superviseurs aux enquêtes et les enquêteurs sont nommés par le directeur du Bureau des enquêtes indépendantes selon le plan d'effectifs et les normes qu'il établit.
Au moment du recrutement, le Directeur publie un appel de candidature.
Les candidats doivent répondre à des critères de sélection précis ayant notamment trait à leurs qualités personnelles, à leurs habiletés relationnelles, à leur parcours scolaire et à leur expérience professionnelle, celle-ci devant s’avérer pertinente à la mission du BEI. Un bon esprit d’analyse, de raisonnement et de synthèse de même qu’un sens aigu des relations humaines figurent au nombre des qualités recherchées chez les enquêteurs puisqu’elles sont des préalables et des atouts indéniables dans l’exercice de leurs fonctions.
Les enquêteurs doivent également se soumettre à une enquête de sécurité afin de prouver leur intégrité et leur probité ainsi que l’absence de toutes condamnations en matière criminelle, pénale, déontologique et disciplinaire.
La procédure de recrutement et de sélection des enquêteurs du BEI est déterminée par le Règlement sur la procédure de sélection et sur la formation des enquêteurs du Bureau des enquêtes indépendantes. Ce règlement devra être amendé afin de refléter les nouvelles dispositions de la Loi sur la police suite à l'adoption du projet de loi P-72 en décembre 2020.